В 2001 году после возбуждения в его отношении уголовного дела Арсан Мукаев покинул Россию.
В 2006 года его арестовали в Казахстане, экстрадировали в Россию и привезли в Чечню. Мукаеву не предоставили адвоката и в течение месяца, по данным организации «Правовая инициатива» пытали, после чего он подписал признательные показания. В возбуждении уголовного дела по фактам жестокого обращения с ним было отказано. Мукаев был приговорен к пожизненному сроку по обвинению в убийстве 13 человек, в том числе силовиков.
В марте 2018 года ЕСПЧ признал нарушения Конвенции о защите прав человека в части запрета пыток и права на справедливое судебное разбирательство и присудил ему 45500 евро в качестве компенсации в отношении Мукаева. Помимо этого, суд рекомендовал пересмотреть его приговор.
Во исполнение решения ЕСПЧ российский суд должен был исключить доказательства, которые следователи добыли с применением пыток, и направить дело на новое рассмотрение. Однако Президиум Верховного суда России оставил ранее принятые решения российских судов в силе.
